从异世界突然出现的异形敌人“塞壬”。本应团结起来击退外敌的人类，但由于理念的不同分裂成了两个阵营。其中之一，被分配到碧蓝航线新基地的拉菲和标枪，遇到了身披斗篷的神秘少女绫波。那是新战争的预兆。

击退重樱攻击的碧蓝航线基地。总算回到基地的标枪等人，无法忘记绫波的事情。就在这时，企业知道了正在航海中的妹妹大黄蜂她们受到了袭击，不顾自己的伤势准备去救援。

救企业与危难之间的“女仆”贝尔法斯特。她受女王伊丽莎白之令监视企业。另一方面，拉菲她们将正在为这场战斗而苦恼的标枪带到了海边。看到了穿着泳衣享受的少女们的企业，向贝尔法斯特说出了自己的心情

回到基地的重樱舰队的一行人，绫波和瑞鹤也再次回到她们的同伴身边。其中，为了调查重樱所持有的黑色的心智魔方，作为皇家的间谍潜入调查中的谢菲尔德和爱丁堡，在基地深部亲眼目睹了赤城与塞壬的密谈。

逃出重樱基地的谢菲尔德与爱丁堡，与趁乱而来的明石一起躲在废墟岛上。企业和贝尔法斯特等碧蓝航线组织的救援部队也到达了，海域处于一触即发的状态。